华侨崇圣大学中医孔子学院依据孔子学院总部/国家汉办章程第六章“管理”规定，设立华侨崇圣大学中医孔子学院理事会，实施理事会领导下的院长负责制。理事会成员由中泰双方各 3人组成：理事长由华侨崇圣大学校长担任，副理事长由天津中医药大学校长担任。中医孔子学院泰方院长由华侨崇圣大学中国语言文化学院何福祥博士兼任，中方院长由天津中医药大学选派。中方院长负责中医孔子学院的日常运营和管理。理事会负责审议学院发展规划、年度工作计划、年终总结、项目实施方案及其预决算方案。重要决策事项由理事会讨论决定，每年召开一次理事会会议。